Produits [modifier] Instruments de séquençage [modifier] Un séquenceur PacBio RSII Séquenceur séquentiel de Pacific Biosciences Le premier instrument scientifique de la société, appelé "PacBio RS", a été distribué à un nombre limité de onze clients fin 2010. [21] Le fournisseur de séquençage GATC Biotech a été sélectionné par Pacific Biosciences comme son premier fournisseur de services européen fin 2010. [22] Le produit a ensuite été commercialisé début 2011. [4] Une nouvelle version du séquenceur appelée "PacBio RS II" est sortie en avril 2013; il produit des lectures de séquence plus longues et offre un débit plus élevé que l'instrument d'origine. [5] [6] En septembre 2015, la société a lancé un nouvel instrument de séquençage, le système Sequel. Le séquenceur a augmenté sa capacité avec 1 million de guides d'ondes en mode zéro, contre 150 000 dans le PacBio RS II, et représente environ le tiers de la taille et la moitié du prix du PacBio RS II [10] [23]. En avril 2019, la société a publié un système Sequel II amélioré avec prise en charge d'une nouvelle cellule SMRT avec huit millions de ZMW [24], augmentant par huit le débit attendu par cellule SMRT [11] [25]. Le facteur de forme pour Sequel II est le même que Sequel, mais avec un pont de travail robotique légèrement modifié. Réactifs et cellules SMRT [modifier] Informations supplémentaires: Séquençage en temps réel d'une seule molécule Pour utiliser l'un ou l'autre instrument, les clients doivent également acheter des packs de réactifs pour la préparation et le séquençage de l'ADN et de petits consommables appelés «Cellules SMRT». Les cellules du séquenceur RS mesurent un peu moins d'un centimètre carré et contiennent des dizaines de milliers de guides d'ondes en mode zéro. Les cellules du séquenceur Sequel mesurent environ 2,5 cm de côté et contiennent un million de guides d'ondes en mode zéro, tandis que les cellules du séquenceur Sequel contiennent huit millions de guides d'ondes en mode zéro. Les cellules du séquenceur RS sont vendues en paquets de huit. Les cellules des séquenceurs Sequel ou Sequel II sont vendues en paquets de quatre. Le 19 septembre 2018, PacBio a publié le logiciel Sequel 6.0 et la chimie 3.0. Les performances diffèrent entre les bibliothèques à grand insert et l'ADN de poids moléculaire élevé par rapport aux bibliothèques à insert plus court d'une longueur inférieure à environ 15 000 bases. Pour les modèles plus grands, les longueurs de lecture moyennes peuvent atteindre 30 000 bases. Pour les bibliothèques à insert plus court, la longueur de lecture moyenne peut atteindre 100 000 bases lors de la lecture de la même molécule dans un cercle. Ces dernières bibliothèques d'inserts plus courts produisent alors jusqu'à 50 milliards de bases à partir d'une seule cellule SMRT®. [26] Le 1er octobre 2019, PacBio a publié le logiciel 8.0 et la chimie 2.0 pour Sequel II. Pour des modèles plus grands lus comme des "lectures longues en continu", un exemple de bibliothèque humaine a donné une longueur de lecture N50 de 52 456 et le rendement par cellule est de 182 Go. [27] Pour les bibliothèques inférieures à environ 20 000 bases, lues dans un séquençage circulaire consensuel, le rendement par cellule est indiqué à 450 Go, soit environ 30 Go de lectures corrigées HiFi. [28] Logiciels et applications [modifier] Leur produit bioinformatique d'analyse secondaire pour le RS, appelé "Analyse SMRT", était open source. [29] Pour le système Sequel, le logiciel d'analyse secondaire a été réorganisé en tant qu'application "SMRT Link". En 2013, la société a publié de nouveaux outils bioinformatiques pour l'assemblage automatisé du génome (HGAP) et la finition avec une précision de 99,999% (Quiver). [30] [31] [32] En mai 2010, un article de Nature Methods a montré que l'instrument de PacBio peut détecter la méthylation des brins d'ADN sans altérer l'ADN. [33] En 2012, les scientifiques ont utilisé le séquençage SMRT pour générer des méthylomes bactériens complets
