Des macrophages infectés par la bactérie Yersinia pestis photographiés en 2024 sur un cliché publié par l'Institut Pasteur, à Paris le 27 mai 2025 ( Institut Pasteur / Anne DERBISE )
Pourquoi les épidémies de peste ont-elles duré si longtemps ? La lèpre était-elle présente en Amérique avant l'arrivée des Européens ? Véritables archéologues des microbes, des chercheurs ont répondu à ces deux questions en étudiant des bactéries parfois vieilles de plusieurs millénaires.
La revue Science publie jeudi deux études sur l'histoire de ces maladies qui ont marqué l'imaginaire collectif: la peste, qui a causé la terrible Peste noire à la fin du Moyen-âge, et la lèpre, associée au cours des siècles à des images de malades lourdement défigurés.
"La bactérie de la peste a une importance particulière dans l'histoire de l'humanité, donc c'est important de savoir comment ces épidémies se sont propagées", explique à l'AFP le microbiologiste Javier Pizarro-Cerda, l'un des auteurs de la première étude.
Le chercheur travaille pour l'institut français Pasteur, impliqué dans les deux études. Son travail, réalisé en collaboration avec des scientifiques de l'université canadienne McMaster, explique pourquoi chaque épidémie de peste a duré si longtemps au fil des âges.
Depuis deux mille ans, le monde a connu trois pandémies de peste. La première, dite peste de Justinien, a marqué pendant deux cents ans la fin de l'Antiquité et le début du Moyen-Âge. Près d'un millénaire plus tard, la deuxième a débuté par la Peste noire qui a tué près de la moitié de la population européenne au milieu des années 1300, puis ensuite donné lieu à des épisodes récurrents pendant des siècles.
La troisième, née en Asie au milieu du XIXe siècle, se prolonge encore aujourd'hui avec de multiples cas, en particulier en Afrique subsaharienne: République démocratique du Congo, Madagascar, Ouganda....
Les auteurs de l'étude ont examiné des échantillons de Yersinia pestis, la bactérie de la peste bubonique, qui remontaient à chacune de ces épidémies. Ils ont noté un point commun: dans les trois cas, le microbe a connu une évolution génétique qui a peu à peu réduit sa virulence.
On pourrait penser qu'une épidémie s'éteint quand un microbe devient moins dangereux. Mais en provoquant des infections moins graves, la bactérie de la peste a prolongé leur durée, ce qui lui a donné plus d'occasions pour se transmettre d'un individu à l'autre.
- Une lèpre américaine -
Les chercheurs de Pasteur ont confirmé cette hypothèse en infectant des groupes de rats avec certains échantillons récents: la maladie y a bien perduré plus longtemps quand la virulence de la bactérie était réduite.
Des bactéries Yersinia pestis photographiées sur un cliché publié par l'Institut Pasteur, à Paris le 27 mai 2025 ( Institut Pasteur / Marie-Christine PREVOST )
C'est une avancée considérable dans la compréhension des épidémies de peste, même si le contexte actuel, où des antibiotiques permettent de bien lutter contre la maladie, est largement différent des siècles passés.
"Ça nous permet de saisir de façon globale comment les agents pathogènes peuvent s'adapter à différentes situations", souligne M. Pizarro Cerda. "On peut finalement mieux comprendre ce qu'est la peste, et comment on peut développer des mesures pour se défendre."
Le passé éclaire également le présent dans la seconde étude, qui se penche sur le parcours de la lèpre au fil des millénaires.
Les équipes de Pasteur ont, ici, collaboré avec l'Université du Colorado, pour examiner des centaines d'échantillons issus de fouilles archéologiques en Amérique du Nord comme du Sud.
Ils y ont découvert l'une des bactéries impliquées dans la lèpre, Mycobacterium lepromatosis. Or, les échantillons concernés remontaient à il y a neuf mille ans, soit bien avant l'arrivée des premiers colons européens.
"On montre qu'il y avait déjà une forme de lèpre en Amérique et qui a été propagée sur tout le continent", résume à l'AFP l'un des principaux auteurs, Nicolas Rascovan, spécialiste en paléogénomique à l'institut Pasteur. "Ce n'est pas un petit coin de continent, c'était vraiment partout."
Attention, pour autant, à ne pas mettre la colonisation hors de cause. Les Européens ont bien transmis sur le sol américain une autre bactérie, Mycobacterium leprae, considérée jusqu'aux années 2000 comme seule responsable de la lèpre.
Mais cette découverte va permettre d'orienter les recherches sur Mycobacterium lepromatosis, sur laquelle demeurent de nombreuses zones d'ombre depuis sa découverte en 2008.
"Il nous reste encore beaucoup de diversité de ce pathogène à découvrir. Et on sait maintenant qu'il faut la chercher en Amérique, pas ailleurs", conclut M. Rascovan. "Ça nous aide à envisager des stratégies pour combattre les pathogènes et les maladies."
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